Docente
Referente del progetto
Keyword
Pangenomics, Genomic Graphs, Graph Topology Optimization, Structural Variation, Bioinformatics Algorithms, Population Genomics, Scalable Genomic Data Structures
Descrizione
La crescente disponibilità di dati genomici ad alta risoluzione richiede strumenti computazionali in grado di rappresentare in modo efficiente la variabilità strutturale e la complessità delle popolazioni. I grafi genomici rappresentano una soluzione potente a questo problema, ma la loro costruzione e ottimizzazione pongono ancora sfide significative in termini di scalabilità, accuratezza e interpretabilità. PANPHORTE è un tool bioinformatico progettato per ottimizzare la topologia di grafi genomici, intervenendo sulla loro struttura per ridurre ridondanze e migliorare la coerenza tra rappresentazione computazionale e informazione biologica. Il progetto mira all’ottimizzazione e all’estensione funzionale di PANPHORTE, con l’obiettivo di migliorarne l’efficienza algoritmica nella riduzione della ridondanza strutturale e nella semplificazione dei percorsi, mantenendo l’informazione biologicamente rilevante. Verranno introdotte nuove funzionalità per la gestione di dataset su larga scala, il supporto a strategie avanzate di pruning topologico e metriche migliorate per la valutazione della qualità del grafo risultante. Il progetto prevede inoltre il potenziamento delle performance computazionali, al fine di rendere lo strumento più scalabile, modulare e applicabile in ambito di genomica di popolazione e pangenomica.