Analisi ed implementazione di metodi per l’identificazione di siti target all’interno delle proteine per il supporto alla scoperta di nuovi farmaci

Docente

Gianluca Palermo (mail)

Area di ricerca

Architetture dei sistemi di elaborazione

Keyword (max 3 separate da virgola)

Drug Discovery, Virtual Screening, HPC

Descrizione (max 500 caratteri)

Il progetto prevede lo studio e l’implementazione di tecniche per la manipolazione di piccole molecole o proteine a supporto della scoperta di nuovi farmaci usando strumenti informatici. In particolare, il progetto vede lo sviluppo e ottimizzazione di tecniche note in letteratura per la generazione della tasca target a partire da una proteina, per supportare il passo virtual screening usando sistemi HPC (High-Performance Computing).
Esempi di Metodi da analizzare sono:
– J. Yu, Y. Zhou, I. Tanaka, M. Yao, Roll: A new algorithm for the detection of protein pockets and cavities with a rolling probe sphere. Bioinformatics, 26(1), 46-52, (2010)
– Brady, G.P., Stouten, P.F. Fast prediction and visualization of protein binding pockets with PASS. J Comput Aided Mol Des 14, 383–401 (2000)
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