Nel contesto del drug discovery, la manipolazione di rappresentazioni molecolari come i SMILES è fondamentale per l’analisi e la progettazione di nuovi farmaci. Questo progetto si propone di implementare un algoritmo di compressione di molecole, sfruttando la portabilità del framework Kokkos per l’esecuzione sia su CPU che GPU. L’obiettivo principale è lo studio approfondito di Kokkos, valutandone possibilità e limiti nell’adattamento di codice scientifico ad architetture eterogenee. In parallelo, verranno analizzate altre soluzioni disponibili, come versioni in CUDA e HIP, per un confronto in termini di prestazioni e facilità di integrazione. Il progetto prevede infine la definizione di procedure di compressione e decompressione dei SMILES, con particolare attenzione all’efficienza computazionale e all’impatto sui flussi di lavoro tipici del drug discovery.
Referente del progetto: GIANLUCA PALERMO (gianluca.palermo@polimi.it) e GIANMARCO ACCORDI (gianmarco.accordi@polimi.it)