Nel contesto del drug discovery, il molecular docking consiste nell’analisi e nella previsione dell’interazione tra una molecola (ligando) e il suo bersaglio biologico (proteina), al fine di identificare potenziali candidati farmaci. In questo progetto, ci si propone di realizzare il porting di una “mini-app” dedicata al docking, cioè una versione semplificata di un’applicazione scientifica che conserva le parti essenziali dell’algoritmo per scopi di studio e benchmarking. L’obiettivo è sfruttare Kokkos, un framework che consente la portabilità del codice su diverse architetture di calcolo (CPU e GPU), per massimizzare l’efficienza e minimizzare la complessità del codice. Verranno analizzate le prestazioni ottenute con Kokkos e messe a confronto con implementazioni specifiche per altre piattaforme, valutando facilità di integrazione e scalabilità. L’esito del progetto servirà come base per l’integrazione di soluzioni di molecular docking in contesti di calcolo ad alte prestazioni.
Docente Responsabile – Gianluca Palermo (gianluca.palermo@polimi.it)
Referente Progetto – Gianmarco Accordi (gianmarco.accordi@polimi.it) – Davide Gadioli (davide.gadioli@polimi.it)