Docente
Marco Santambrogio (marco DOT santambrogio AT polimi DOT it)
Referente del progetto
Beatrice Branchini (beatrice DOT branchini AT polimi DOT it)
Keyword (max 3 separate da virgola)
CUDA, GPU, Genomica
Descrizione (max 500 caratteri)
La medicina personalizzata ha il potenziale di rivoluzionare la cura di numerose malattie, in maniera tempestiva e efficace. Tra le risorse utilizzate in questo ambito vi è il genoma del paziente, il quale deve essere analizzato tramite metodi computazionali per poter identificare le informazioni di interesse. Tuttavia, gli strumenti ad oggi disponibili non sono in grado di gestire la grande quantità di dati coinvolte in queste analisi. In più, le CPU non sempre riescono a fornire livelli di performance adeguati, rendendo ancora più lunghi i tempi di analisi del genoma.
Per questi motivi, l’obiettivo di questo progetto consiste nell’accelerare un algoritmo di allineamento a sequenza su GPU per superare il collo di bottiglia computazionale che si riscontra nell’analisi genomica.