Docente
Gianluca Palermo (mail)
Area di ricerca
Architetture dei sistemi di elaborazione
Keyword (max 3 separate da virgola)
Drug Discovery, Virtual Screening, HPC
Descrizione (max 500 caratteri)
Il progetto prevede lo studio e l’implementazione di tecniche per la manipolazione di piccole molecole o proteine a supporto della scoperta di nuovi farmaci usando strumenti informatici. In particolare, il progetto vede lo sviluppo e ottimizzazione di tecniche note in letteratura per la generazione della tasca target a partire da una proteina, per supportare il passo virtual screening usando sistemi HPC (High-Performance Computing).
Esempi di Metodi da analizzare sono:
– J. Yu, Y. Zhou, I. Tanaka, M. Yao, Roll: A new algorithm for the detection of protein pockets and cavities with a rolling probe sphere. Bioinformatics, 26(1), 46-52, (2010)
– Brady, G.P., Stouten, P.F. Fast prediction and visualization of protein binding pockets with PASS. J Comput Aided Mol Des 14, 383–401 (2000)
Esempi di Metodi da analizzare sono:
– J. Yu, Y. Zhou, I. Tanaka, M. Yao, Roll: A new algorithm for the detection of protein pockets and cavities with a rolling probe sphere. Bioinformatics, 26(1), 46-52, (2010)
– Brady, G.P., Stouten, P.F. Fast prediction and visualization of protein binding pockets with PASS. J Comput Aided Mol Des 14, 383–401 (2000)